Well Scott, 
I could say that I'm handling with lot of bundles from lot of Eclipse projects in my Tycho buildings since a year and the only problem that I had until now was with sources from ECF.
I have to exclude such sources bundles from the source feature configuration to make the build go:
    <build>
        <plugins>
            <plugin>
                <groupId>org.eclipse.tycho.extras</groupId>
                <artifactId>tycho-source-feature-plugin</artifactId>
                <version>${tycho-version}</version>
                <executions>
                    <execution>
                        <id>source-feature</id>
                        <phase>package</phase>
                        <goals>
                            <goal>source-feature</goal>
                        </goals>
                    </execution>
                </executions>
                <configuration>
                    <labelSuffix> (source)</labelSuffix>
                    <excludes>
                        <plugin id="org.eclipse.ecf.presence" />
                        <plugin id="org.eclipse.ecf.provider.irc" />
                        <plugin id="org.eclipse.ecf.provider.bittorrent" />
                        <plugin id="org.eclipse.ecf.provider.msn" />
                        <plugin id="org.eclipse.ecf.presence.bot" />
                        <plugin id="org.eclipse.ecf.telephony.call" />
                        <plugin id="org.eclipse.ecf.protocol.msn" />
                        <plugin id="org.eclipse.ecf.provider.filetransfer.efs" />
                        <plugin id="org.eclipse.ecf.docshare" />
                        <plugin id="org.eclipse.ecf.provider.filetransfer.scp" />
                        <plugin id="org.eclipse.ecf.remoteservice.ui" />
                        <plugin id="org.eclipse.ecf.protocol.bittorrent" />
                        <plugin id="org.eclipse.ecf.sync" />
                        <plugin id="org.eclipse.ecf.storage" />
                        <feature id="org.eclipse.ecf.xmpp.feature" />
                        <feature id="org.eclipse.ecf.discovery.feature" />
                        <feature id="org.eclipse.ecf.datashare.feature" />
                        <feature id="org.eclipse.ecf.discovery.zookeeper.feature" />
                        <feature id="org.eclipse.ecf.discovery.dnssd.feature" />
                        <feature id="org.eclipse.ecf.discovery.jmdns.feature" />
                        <feature id="org.eclipse.ecf.discovery.slp.feature" />
                        <feature id="org.eclipse.ecf.osgi.services.feature" />
                        <feature id="org.eclipse.ecf.server.generic.feature" />
                        <feature id="org.eclipse.ecf.remoteservice.feature" />
                        <feature id="org.eclipse.ecf.remoteservice.soap.feature" />
                        <feature id="org.eclipse.ecf.remoteservice.rest.feature" />
                        <feature id="org.eclipse.ecf.remoteservice.rosgi.feature" />
                        <feature id="org.eclipse.ecf.xmpp.feature" />
                    </excludes>
                </configuration>
            </plugin>
I'll investigate a bit more the bundle contents to try to identify the problem.